Wie bepaalt over welke route een vliegtuig mag vliegen?

In principe bepaalt de vliegmaatschappij dat. Sommige landen, zoals de Verenigde Staten, kunnen hun maatschappijen verbieden te vliegen over bepaalde gebieden.

Zo werkt bijvoorbeeld KLM sinds MH17 met kleurcodes om de veiligheid van een route aan te duiden. De bemanning weet op die manier over welke mogelijke risicogebieden ze vliegen. Hebben ze daarover vragen, dan kunnen ze de veiligheidsafdeling verzoeken toelichting te geven.
Mocht de bemanning een vlucht toch te gevaarlijk vinden, dan staat het ze vrij de route aan te passen of in extreem geval de vlucht te weigeren.

De veiligheidsafdelingen van de verschillende maatschappijen baseren hun informatie op tal van overheden en luchtvaartautoriteiten. Met name de zogeheten Notice to Airmen (NOTAMs), uitgegeven door luchtvaartinstanties, gelden als richtsnoer. De beslissing of een luchtruim open is, is uiteindelijk altijd de verantwoordelijkheid van het land waarover gevlogen wordt.
__________

Om je antwoord in algemene zin te beantwoorden (zonder te letten op gevaarlijke gebieden):
De ‘North Atlantic Tracks’ liggen vast, evenals vele andere routes. Hiervan kun je niet afwijken. Een vlucht wordt eerst bij Oceanic Center Controller aangemeld, en die bepaalt welke track je mag vliegen.
Met dank aan Bhagavad.