Welke dieren eten zoöplankton?

Vissen voornamelijk, maar ook bijvoorbeeld baleinwalvissen als de blauwe vinvis.

Van het zoöplankton voeden met name de roeipootkreeftjes zich met plantaardig plankton. Met een fijnmazig net van borstelharen rond de monddelen filteren ze het voedsel uit het water. Daarbij zijn ze in staat onderscheid te maken tussen de verschillende soorten fytoplankton: ze tonen een duidelijke voorkeur voor diatomeeën. De meeste andere soorten zoöplankton voeden zich op hun beurt met roeipootkreeftjes. Roeipootkreeftjes zijn dan ook de belangrijkste schakel tussen het plantaardig plankton en het dierlijke leven in zee.