Rotten betekent dat de cellen van voedingsmiddelen volledig verteren door verbinding met zuurstof. Daarom is rotten een vorm van oxideren. Fermenteren is een vorm van chemische omzetting onder invloed van enzymen of schimmels, waardoor de eigenschappen van het voedingsmiddel veranderen. Fermentatie gebeurt onder zuurstofarme omstandigheden.
Het voedingsmiddel verandert door fermentatie van smaak en wordt langer houdbaar. Voorbeelden zijn de omzetting van graan en fruit naar alcoholische dranken, melk naar yoghurt, sojabonen naar tempeh of miso, de productie van azijn, brood, zuurkool, worst, thee, tabak, ingelegde citroenen en nog veel meer. Veel voedingsmiddelen worden door fermentatie beter verteerbaar en vaak bevatten ze ook meer vitamines uit vooral de B-groep. In tegenstelling tot rotten is fermentatie over het algemeen dus wel bevorderlijk voor de gezondheid.