Antibiotica hebben nagenoeg geen invloed op het milieu omdat de werkzame concentraties vrij hoog zijn. In de concentraties van het oppervlakte of rioolwater hebben ze geen effect meer op bacterien en daar biedt een resistentie gen dan ook geen voordeel voor de bacterie die het resistentiegen heeft.
Bacterien die in bijvoorbeeld een ziekenhuis resistent zijn geworden kunnen natuurlijk wel buiten overleven, maar omdat er geen selectiedruk meer op zit is dat voor een bacterie niet echt een voordeel en meestal valt het gen dan in het nadeel van de bacterie uit, afhankelijk van wat er precies is veranderd in de bacterie. In het milieu zullen de resistente bacterien dus waarschijnlijk niet lang overleven.
De antibiotica die in de kippenhouderij gebruikt worden zijn niet in gebruik in ziekenhuizen, het enige zou nog kunnen zijn dat een bacterie die in de kippenhouderij resistent is geworden tegen een bepaald antibiotica misschien ook makkelijker resistent kan worden tegen een antibioticum dat wel bij mensen wordt gebruikt.
De (intensieve) veehouderij biedt wel een groot reservoir aan bacterien die bij mensen mogelijk ook kwaad kunnen, met als beste voorbeeld de Q koorts, maar ziekenhuizen hebben ook veel problemen met MRSA bacterien die via veehouders het ziekenhuis inkomen. De varkens fungeren hier als reservoir voor de bacterie en de veehouder als vector. Ik denk op zich niet dat de resistentie zich in de varkens heeft ontwikkeld, maar dat een veehouder met een resistente bacterie zijn veestapel heeft besmet en de resistente bacterien zich verder via de veestapels van andere boerderijen heeft versrpreid. Dierenhouderij houdt altijd een risico in van besmetting, er zijn geen ziektes die uitsluitend bij mensen voor kunnen komen.