Hoe moet ik een melkput dicht maken in een oude melkstal?

De methode die je aangeeft is een juiste. De in de reacties gemaakte opmerking eerst gaten in de grond te slaan, lijkt me er eentje waarmee je moet opletten. Als de put onder het maaiveld ligt, kan het water juist omhoog gaan wellen!
Je kunt in het zand in de put een buis van voldoende diameter verticaal plaatsen om daar zonodig een dompelpomp in te kunnen laten zakken. Die buis moet dan niet met zand gevuld worden.

je door jezelf aangedragen oplossing is op zich een goede,de schrobputjes kun je eenvoudig verlengen en daarmee is ook de eventuele wateroverlast opgelost ,een andere methode zou kunnen zijn dat je een aantal stalroosters op een verlaagde rand legt zodat de bovenkant van de roosters gelijk liggen met de bovenkant van de lopppaden voor de koeien daaroverheen een zeilvloerbedekking of iets dergelijks ,het voordeel is dat dat minder werk is en als je het ooit in de oude staat moet terugbrengen dat je dan veel minder werk hebt.