De gasvormige materie waaruit de aarde ontstaan is is na stolling gerangschikt (bijv. goud). Hoe dan?

Toen de aarde ontstond uit een samentrekkendegas-en stofnevel zaten alle elementen min of meer willekeurig door elkaar, Zware elementen zakten echter verder naar de kern van de aarde dan de lichtere. Door vulkanisme kunnen die weer mee omhoog komen. Daarom spreken we ook van goud- en zilveraders. Dat zijn oude lavagangen, waarin metalen zijn gestold. Metalen met een haast gelijke smelttemperatuur vind je dan ook meestal gemengd met elkaar in de aarde, terwijl metalen met een heel verschillende smelttemperatuur ver van elkaar worden gevonden.
Goud- en zlvernuggets kun je wel vinden in (voormalige) rivierbeddingen. Dan is door erosie de ader bloot komen te liggen, en worden de metalen meegenomen door de waterstroom.

Het belangrijkste is om te beseffen dat de aarde weliswaar zo'n 4 miljard geleden is ontstaan, maar dat die aarde daarna nog constant in beweging is gebleven.
Voor een deel zorgt de voortdurende vulkanische activiteit voor het ontstaan van nieuw gesteente, met nieuwe samenstelling, waarbij (zie ook antwoord @teusvh) mineralen met verschillende dichtheden en smeltpunten van elkaar gescheiden werden.
Het belangrijkste effect is echter dat van levende wezens. Veel minerale afzettingen zijn ontstaan van uit zee, hetzij direct uit levende wezens (fossielen, stromatolieten, steenkool, fosfaat) of indirect doordat algen/planten via fotosynthese zuurstof produceerden, waarna die zuurstof allerlei reacties aanging (zo zijn de meeste ijzerertslagen ontstaan).