Is er genetisch verschil tussen een pony en een paard?

Je geeft zelf al aan dat er hoogte en bouw verschil is. Als je dan weet dat alle uiterlijke kenmerken opgeslagen liggen in het DNA dan is het antwoord dus ja.

het verschil is van E naar F
en grote E pony is een klein paard, heeft dus alleen maar te maken met grote

Er is geen genetisch verschil. Er zijn verschillende paardenrassen en verschillende ponyrassen.

Soms worden ponyrassen gefokt op schofthoogte (zodat het paarden 'worden') en andersom zijn er paardenrassen die niet aan de officiele schofthoogte van 1,48m voldoen. Echter worden die nog onder de paarden gerekend.
Voorbeeld hiervan is het Fallabellapaard dat onder de dwergpaarden wordt gerekend maar die nog kleiner is dan een shetlander.

Er bestaat in die zin een genetisch verschil, ongeveer zoals jij en ik genetisch van elkaar verschillen. (en dus niet zoals het verschil tussen ik en een aap).
Ze zijn van dezelfde soort, maar hebben wat andere kenmerken, net zoals kleine en grote honden. Ze vormen dus samen 1 soort, daaronder verdeeld zijn allerlei verschillende rassen die ofwel paarden of ponny's genoemd worden n.a.v. grootte en bouw.
Omdat ze samen 1 soort zijn, is het in principe ook genetisch mogelijk dat een shetlander en een belgische knol samen een veulentje krijgen (niet aan te raden trouwens) wat op zijn beurt ook weer een vruchtbaar beestje is.