Mag je een shisha pen meenemen in je koffer die in het ruim komt ik vlieg met Transavia naar Portugal ?

Nee, dat mag beslist niet. Een sisha pen mag je alleen in je handbagage meenemen.
Het antwoord op deze vraag is bij de “Veelgestelde vragen” op de website van Transavia onderdeel van het antwoord op de vraag over roken aan boord:

“Is roken aan boord van een Transavia vliegtuig toegestaan?
Nee, alle vluchten van Transavia zijn rookvrij. Ook het gebruik van een e-sigaret aan boord is niet toegestaan. Je mag je e-sigaret wel meenemen in je handbagage. Vanwege het type batterij (lithiumbatterij) mag je een e-sigaret nooit meenemen in je ruimbagage.”
https://service.transavia.com/app/answers/list/kw/e-sigaret/

De Amerikaanse federale luchtvaartdienst FAA (waarnaar men zich in de luchtvaart veelal richt) heeft daarover een 'safety alert' uitgebracht, en de ICAO (VN agentschap op luchtvaartgebied) adviseert in dezelfde lijn wereldwijd om e-sigaretten in ruimbagage te verbieden:
"In January 2015 the US Federal Aviation Administration issued a safety alert to air carriers that e-cigarettes should not be allowed in checked baggage after a review of fire safety issues, including two fires caused by e-cigarettes in checked baggage.[94][97] The International Civil Aviation Organization, a United Nations agency, also recommends prohibiting e-cigarettes in checked luggage.[94]"
Bron: https://en.wikipedia.org/wiki/Safety_of_electronic_cigarettes#Fires.2C_explosions.2C_and_other_battery-related_malfunctions

[94] Bart Jansen (23 January 2015). "Packing e-Cigarettes in luggage is a fire risk, FAA warns". USA Today. http://www.usatoday.com/story/news/2015/01/23/faa-electronic-cigarettes-icao/22234903/

[97] Ashley Hasley III (26 January 2015). "The FAA wants you to carry on your e-Cigs". The Washington Post. http://www.washingtonpost.com/blogs/dr-gridlock/wp/2015/01/26/the-faa-wants-you-to-carry-on-your-e-cigs/