Waarom zeggen we "het water loopt hem in de mond" terwijl het logischer klinkt als we zeggen "het speeksel loopt hem in de mond" ?

Dat is feitelijk hetzelfde als watertanden: een omschrijving van het verschijnsel dat 'het water je in de mond loopt' bij het zien van en/of denken aan iets lekkers of enorm leuks.
Met water wordt het speeksel bedoeld. Als je lekker eten ziet of ruikt of daaraan denkt, reageert je lichaam door extra speeksel aan te maken. Zo wordt je mond in gereedheid gebracht om het voedsel te 'verwerken'.

Het wordt niet alleen gebruikt in verband met eten. Je kunt bijvoorbeeld ook spreken van een vooruitzicht om van te watertanden of een aanbod om van te watertanden. Het betekent dan in het algemeen dat iets je heel mooi, goed of gunstig lijkt.
Van Dale (2005) vermeldt bij de zegswijze 'het water loopt mij om de tanden' dat dit kan betekenen dat iets je heel lekker lijkt, maar dat daarnaast de betekenis 'ik begin flauw te worden van de honger' bedoeld kan worden.

Bovendien is het in het algemeen zo dat in uitdrukkingen eufemismen gebruikt worden, om zo bepaalde zaken fraaier over te laten komen dan ze in werkelijkheid zijn. Het kleinste kamertje bezoeken, de liefde bedrijven, als de wiedeweerga.