De signaalsubstantie serotonine, welke zich voor meer dan 90% in de darm bevindt en verder met name in de hersenen, speelt een zeer belangrijke rol bij de regulatie van de signaaloverdracht tussen darmen en hersenen. Een veranderde activiteit van serotonine kan daarom stoornissen veroorzaken zowel in de darm- als in de hersenfunctie. Dit verklaart ook het verband tussen psychische problemen (bijvoorbeeld depressie, stress en paniekstoornis) en darmklachten. Het is helaas moeilijk om de activiteit van serotonine positief te beïnvloeden door voedingveranderingen.