Is er een manier om alle 'niet standaard' processen te stoppen?

Jawel, die is er, dat heet unlocker;
http://www.filehippo.com/download_unlocker/
U krijgt dan een extra optie onder uw rechtermuisknop.
U kiest dan voor unlocker en dan ziet u bepaalde opties.
Alles vrijgeven lijkt mij het meest voor de hand.

Maar als ik het goed begrijp dan heeft u programma's geinstalleerd op uw externe en die draait u vervolgens op uw pc/laptop?
Dat is een onorthodoxe manier van gebruik.
En gaat vroeg of laat voor problemen zorgen.
Dergelijke schijven zijn bedoelt voor dataopslag/backups etc.
Niet voor actieve programma's.
Ondanks dat het wel gedaan wordt zijn ze er niet voor bedoelt.
Het gevaar schuilt hem in dat als er een schrijf of een leesactie word verricht op die schijf en onverhoopt wordt de stekker eruit getrokken dat je het risico loopt dat je software of nog erger je schijf beschadigt raakt.
Vandaar dat deze schijven alleen als backup of als opslag gebruikt worden.
Een betere oplossing is dan om een extra interne schijf in uw machine te plaatsen of een grotere interne schijf te kopen.