Gewoon met file->export een jar maken.
Vervolgens kun je in java deze jar aanroepen, eventueel mbv een bat-bestandje.
Toegevoegd na 2 minuten:
Oh en als je met diverse libs werkt die de eindgebruiker waarschijnlijk niet in de juiste versie geinstalleerd heeft, dan kun je met de fat jar eclipse plug-in (http://fjep.sourceforge.net/) deze libs includen in je package.