Daar zijn verschillende manieren voor. De meest gebruikte is gewoon kaart lezen. De bodem van de zeeen en oceanen zijn grotendeels vlak. Op kaarten staan alle ondieptes goed aangegeven en die worden meestal ruimschoots vermeden. Daarnaast zijn vooral de oceanen veel dieper dan dat een onderzeeboot kan varen. Een onderzeeer zal niet vaak dieper komen dan 300m terwijl de oceanen een gemiddelde diepte van ruim 3,5km hebben.
In het geval ze wel in de buurt komen van ondieptes dan hebben ze natuurlijk nog de nodige apparatuur om deze te meten. Zo zijn er dieptemeters die meten hoeveel meter er tussen de bodem van de boot en de bodem van de zee zit. En kan er inderdaad met sonar 'gekeken' worden of er obstakels zijn.
Kaarten worden regelmatig geupdate en er worden altijd acute veranderingen zoals nieuwe scheepswrakken of vulkaanuitbarstingen onder water (als ze ontdekt worden) in speciale berichten doorgegeven.