Histamine is in de eerste plaats, zoals je al zegt, een neurotransmitter. Neuronen (zenuwcellen) die histamine produceren en vrijlaten in het brein zitten onder andere in de hypothalamus. Dit onderdeel van de hersenen is betrokken bij de regulatie van onder andere metabolisme, lichaamstemperatuur, honger, dorst, slaap en het dag- en nachtritme. Chronische tekorten aan functioneel histamine, of inhibitie van zijn werking door bijvoorbeeld antihistamine, leiden vaak tot verstoringen in die processen. Het meest merkbare effect is verminderde waakzaamheid en toenemende vermoeidheid. Ik slik zelf ook antihistamines vanwege mijn ernstige hooikoorts en andere allergieën en ik word ook daadwerkelijk wat duffer als ik mijn medicijnen heb genomen.
Ten tweede is histamine betrokken bij het reguleren van immuunreacties. Wanneer je immuuncellen een mogelijk gevaarlijk stofje zoals een bacterie of virus detecteren dat aan immuunglobuline E (IgE) kan binden, dan wordt histamine in grote mate vrijgelaten door mestcellen. Dit zorgt ervoor dat er immuuncellen worden geloodst naar de plek waar het stofje is gevonden en zo word je beschermd tegen gevaren van buitenaf. Bij bepaalde voedselallergieën of hooikoorts reageert IgE echter ook met in principe onschadelijke stoffen zoals melkeiwitten of bloempollen. Je hebt IgE en histamine echter wel nodig om een goede afweer te hebben, al zijn er ziekten waarbij er te veel histamine geproduceerd word. Een voorbeeld hiervan is mastocytose, waarbij de mestcellen (de cellen die histamine aanmaken) zich overmatige gaan vermeerderen. Dit op zijn beurt leidt tot een teveel aan histamine en dus nare neveneffecten.