De gemeentelijke universiteit (GU) is niet confesioneel; de VU is van protestants-christelijke huize.
Wellicht te vergelijken met een openbare (gemeentelijke) school en een school op confessionele (godsdienstige) grondslag.
Het zijn niet twee namen voor één ding, maar twee totaal verschillende instellingen. En inderdaad is de Vrije Universiteit ofwel VU op Christelijke grondslag en is de Universiteit van Amsterdam ofwel UvA neutraal.
De VU heeft een christelijk sausje, de UvA is anarchistisch (lees slecht georganiseerd, maar meer vrijheid).
De UvA zit midden in Amsterdam, de VU ligt erbuiten.
VU is kleinschaliger, UvA is massaler.
Ik zit zelf op de VU en heb veel vrienden die op de UVA zitten. In principe is er amper verschil tussen de twee universiteiten, behalve dat de UVA bekender en groter is en daarnaast meer aanbod.