Je noemt twee dingen: de motivering én de wijze van.
Dat zijn twee dingen, en dan gebruik je meervoud: worden.
Deze vraag is al correct beantwoord door mijn voorganger, maar ik wil er nog iets aan toevoegen, namelijk dat 'wijze van motivering' eigenlijk geen correct Nederlands is.
Als je het hebt over 'de wijze waarop', dan volgt er altijd een heel werkwoord en niet een zelfstandig naamwoord. Het gaat namelijk om de manier waarop iemand iets doet of de manier waarop iets functioneert.
In jouw voorbeeld zou er dan dus moeten staan:
"...en de wijze van MOTIVEREN".
Je kan de zin ook even helemaal omgooien en dan krijg je:
"De motivering en de wijze waarop deze wordt geformuleerd (gebracht / gerapporteerd / beschreven enz.) worden allebei onder de loep genomen".