Met darmflora wordt het geheel van micro-organismen aangeduid dat zich in het maag-darmstelsel bevindt. De naam darmflora is eigenlijk niet correct, aangezien het vooral om bacteriën gaat en de term flora verwijst naar planten. Daarnaast gaat het niet alleen om bacteriën in de darm, maar ook bijvoorbeeld in de maag. Eigenlijk zou het dus fungi moeten heten
De darmflora is een goed voorbeeld van mutualisme: samenwerking tussen verschillende soorten organismen waar beide voordeel van hebben.