De behandeling van neutropenie is afhankelijk van de oorzaak en de ernst van de aandoening. Geneesmiddelen die neutropenie kunnen veroorzaken, worden waar mogelijk gestaakt. Soms herstelt het beenmerg spontaan, zonder behandeling. Patiënten met lichte neutropenie (meer dan 0,5 x 109 /l) hebben gewoonlijk geen symptomen en behoeven geen behandeling.
Patiënten met ernstige neutropenie (minder dan 0,5 x 109 /l) kunnen zeer snel aan een infectie overlijden doordat hun lichaam niet meer over de middelen beschikt om de infectie te bestrijden. Wanneer bij deze patiënten infecties ontstaan, worden ze gewoonlijk opgenomen en onmiddellijk met sterke antibiotica behandeld, zelfs voordat de oorzaak en de precieze locatie van de infectie zijn vastgesteld. Koorts, het symptoom dat bij een patiënt met neutropenie meestal op een infectie duidt, is een belangrijk signaal dat medische zorg onmiddellijk noodzakelijk is.