Er is nog niet heel veel bekend over in welk vakje schizoaffectieve stoornissen moeten wroden geplaatst. Vaak is de onderliggende problematiek heel anders dat vooraf gaat bij beide stoornissen. Mensen met schizoaffectieve stoornis hadden daarvoor vaker al ernstige kwetsbare opbouw van hun persoonlijkheid en moeite stabiel te blijven in zowel denken, emoties en gedrag, en vaak ook geestelijke problemen van allerlei aard zoals chronische depressie, stemmingsproblemen, persoonlijkheidsproblematiek (bijna altijd), of ernstige impuls- en gedragsproblemen door bijvoorbeeld trauma's of verwaarlozing in opvoeding. In ieder geval zijn er bijna altijd ernstige geestelijke problemen die niet opgelost konden worden om welke reden dan ook, en dan monden deze problemen heel ernstig uit in psychotische toestanden en men kan niet meer gevoelsmatig met de werkelijkheid leven en men stort in. De schizoaffectieve stoornis ontstaat zelden op zich, terwijl er daarvoor helemaal niks aan de hand was, dat is zeer zeldzaam en komt bijna nooit voor. Ook kan het vanuit het autismespectrum (mcdd meestal, in dit geval kan het omslaan naar schizoaffectieve stoornis) omslaan, of kan vanuit ernstige problemen met AD(H)D richting schizoaffectieve stoornis groeien. Het is heel moeilijk met deze stoornis met etiketten te werken, want die is zeer divers per persoon.
Een groot verschil tussen schizofrenie en schizoaffectieve stoornis is ook, dat de persoonlijkheid van iemand met schizoaffectieve stoornis wel fragiel is opgebouwd (dat verklaart de stemmingsstoornissen als gevolg), maar de persoonlijkheid blijft ondanks de schizoaffectieve stoornis wel bestaan, er is (lichte) verandering, maar geen verval van de persoonlijkheid, er zijn wel zeer veel sociale problemen, die die waren vaak voor de stoornis ook aanwezig. Bij schizofrenie is dit wel het geval over het algemeen, verval. Het beeld bij schizofrenie is ook duidelijker en voorspelbaarder, en qua psychotisch zijn ernstiger en chronischer. De energie voelt ook bij de 2 diagnoses heel anders aan bij de personen.
Schizofrenie is ernstig vanwege het enorme contactverlies met de wereld en verval van de persoon. Schizoaffectieve stoornis is vooral ernstig omdat er veel verschillende problemen spelen in combinatie met de daardoor psychotisch wordende persoon. Schizoaffectieve stoornis wordt door velen als de meest ernstige stoornis gezien binnen de psychiatrie.