Mag ik de kiezels die over bituum en een 3cm dikke isolatielaag liggen weghalen en dan houten vlondertegels van 1.00x1.00 neerleggen?

Ja, dat mag.
Máár, in wat voor een conditie verkeerd het dak en die bitumen bovenlaag? Als die bovenlaag al wat ouder is dan kan hij snel beschadigen. En is het dak wel geschikt om belast te worden op veel lopen et cetera? Als je daar aan twijfelt moet er eerst een constructieberekening gemaakt worden.
En verder: heb je wel gedacht aan een vergunning? Informeer of je die hier nodig hebt.
Vergeet ook niet om met je buren te overleggen.

Ga je de tegels lijmen? Of wordt het een zwevende vloer? Als je ze gaat lijmen zou ik je aanraden om de ondergrond te egaliseren na het verwijderen van de kiezels. Voor te strijken met een goede buiten voorstrijk alvorens je ze verlijmd. Als het een zwevende vloer wordt kan je ze ook verwijderen maar is het alsnog verstandig om toch even te egaliseren om zeker te weten dat de tegels ook goed blijven liggen. Mocht je ze op willen voegen is het belangrijk een buitenvoeg te nemen voorbijveeld in de vorm van Pavifix oid.