Is gedestilleerd water koken in een magnetron gevaarlijk ?

Ja, dat klopt. Datzelfde kan je trouwens ook met andere vloeistoffen overkomen, zoals normaal kraanwater en melk.
Bij de meeste magnetrons krijg je een soort plastic lepeltje bijgeleverd om in de vloeistof te zetten tijdens de verhitting.
Dat voorkomt dit effect.
Hier het Mythbuster filmpje:

Zoals je ook al aangeeft in het antwoord. Als je puur water in een magnetron kookt kan het een temperatuur bereiken ver boven het kookpunt. De moleculen van het water gaan net als alle moleculen bewegen als het warm wordt. Als supergekookt water dus in aanraking komt met een onpure substantie dan gaan al die moleculen "ontploffen" en heb je dus grote kans om superverhit water op je te krijgen. Het punt is dit water moet dus wel gedestileerd zijn als je gewoon kwaanwater doet zal het waarschijnlijk koken. Maar ik zou het natuurlijk niet thuis uitproberen ;-)
Dit is inderdaad op Mythbusters geweest zie het volgende filmpje wat er gebeurd.

Het is het omgekeerde verschijnsel dat zeer zuiver water onder koeld blijft tot onder het vriespunt maar na een tik tegen het glas waar het in zit direkt bevriest.Zo kan het water bij hoge temperatuur tot zelfs het kook punt in een seconde helemaal in een stoomexplosie koken. Dat dat in een magnetron gebeurt en niet in een pan water komt omdat de hitte onstaat in de vloeistof zelf. In een pan stijgt de hitte op vanaf de bodem. Ook wel link is een ei in de magnetron doen.Het eigeel wordt veel sneller heet dan de rest van het ei.Het kan gebeuren als je denkt een gekookt ei op te warmen in de magnetron, het ei uit elkaar knalt op het moment dat je het in stukjes wilt snijden

In chemische laboratoria noemen we het kookvertraging. Aangezien dit nooit gewenst is, worden zgn. kooksteentjes toegevoegd. Dat is poreus keramisch (inert) materiaal dat als kern dient voor de vorming van stoombellen.
Een vergelijkbaar effect treedt op in een bellenvat, waarmee stralingsdeeltjes aangetoond worden doordat de geladen deeltjes plaatselijk de vloeistof (of oververzadigde damp) ioniseren, hetgeen bellenvorming (of druppelvorming) veroorzaakt.