Stel dat de nummer twee op een politieke partij meer stemmen als de lijsttrekker krijgt?

Nee dat is niet zo. Het is namelijk wel eens voorgekomen. In 2006 had Rita Verdonk meer voorkeursstemmen dan Mark Rutte. Mark was op dat moment lijsttrekker. En is dat ook gebleven. Wel was dat de aanleiding voor rita om later te vertrekken.
Wel is het zo dat als er heel veel voorkeurstemmen zijn dat je dan recht hebt op een plaatsje in de 2e kamer. Om aanspraak te maken op deze regel moet je wel minimaal 25% hebben van de kiesdeler. Dat zijn dus ongeveer 16 000 stemmen. De laatste keer dat dat gebeurde was in 2010 toen Pia Dijkstra, D66 (15.705 stemmen); en Sabine Uitslag, CDA (15.933 stemmen) in de 2e kamer kwamen.

In Nederland wordt een kandidaat met voorkeurstemmen gekozen als hij ten minste een aantal van 25% van de kiesdeler aan stemmen gehaald heeft, en de laagstgeplaatste kandidaat die een zetel zou zijn toegewezen minder voorkeurstemmen heeft.

Je vraagstelling klopt m.i. niet helemaal, want de term lijsttrekker betekent dat hij/zij bovenaan de kandidatenlijst staat. Krijgt iemand anders méér stemmen, dan wordt hij (afhankelijk van bovenstaande regel) dus gekozen. Hij wordt volgens mij nooit lijsttrekker, de verkiezingen zijn dan immers geweest, en er is geen sprake meer van een lijst.

Interessanter is (en dat bedoel je wellicht ook), of een ander dan de lijsttrekker uiteindelijk bijvoorbeeld fractievoorzitter zou (kunnen) worden ten koste van de nummer 1 van de kieslijst.

Zodra de verkiezingen afgelopen zijn, is het niet meer belangrijk wie lijsttrekker is (dus een letterlijk antwoord op de vraag is: nee, dat recht krijgt nummer 2 niet, want het doet er meer niet toe wie lijsttrekker is, de lijst is niet belangrijk).
Wat dat betreft is het geen probleem als iemand meer stemmen krijgt, zo lang er maar genoeg stemmen zijn voor meerdere zetels. Er zijn ook geen rangen in de Tweede Kamer, ieder lid heeft in principe even veel te zeggen.

Het kan wel politieke gevolgen hebben. De lijsttrekker is namelijk ook de politiek leider. Als iemand anders meer stemmen krijgt dan de politiek leider (zoals bij de VVD in 2006) is dat opmerkelijk, en het kan zijn dat het politiek leiderschap dan ter sprake wordt gesteld (overigens is Mark Rutte politiek leider gebleven in 2006, ondanks dat hij minder stemmen had).

Maar wie de politiek leider is of wordt van een partij wordt door de partij zelf bepaald, bij de meeste partijen door de leden van de partij te laten kiezen; en niet door de landelijke verkiezingen, want daar wordt alleen bepaald wie er in de Kamer is gekozen.
Wie de fractievoorzitter wordt van de Tweede Kamerfractie wordt formeel door de fractie zelf bepaald. Dat hoeft niet per definitie de hoogstgeplaatste op de lijst te zijn. In de eerste vergadering na de verkiezingen van een nieuwe fractie wordt meestal de (inmiddels voormalige) lijsttrekker/politiek leider tot fractievoorzitter benoemd door de rest van de fractie, mits de lijsttrekker ook daadwerkelijk plaats neemt in de Kamer (soms treden politiek leiders af voordat ze plaatsnemen in de Kamer, bijvoorbeeld als ze veel verlies hebben geleden in de verkiezingen).
Als de partij daarna gaat regeren wordt de politiek leider soms minister of minister-president, en dan wordt iemand anders in de partij de fractievoorzitter.

Het enige wat zou kunnen voorkomen dat de lijsttrekker niet wordt gekozen is dat iemand anders op de lijst genoeg voorkeursstemmen krijgt en de partij als geheel maar genoeg stemmen voor één zetel. Dan komt degene die met voorkeursstemmen is gekozen in de Kamer, en de persoon op nummer 1 niet. Dat is voor zover bekend trouwens nog nooit voorgekomen in Nederland.