Je zult vast ook wel gemerkt hebben, bij het zoeken naar deze software, dat woorden als "gratis" en "free" niet zoveel zeggen. Het is vaak misleidend, en er zitten allerlei addertjes onder het gras.
Voor zover ik het kan overzien is deze gratis, zonder beperkingen:
http://www.startdownloaden.nl/articles/196/1/BookDB/Pagina1.html
Deze is shareware, maar shareware is dus geen freeware. Je moet er dus nog even goed naar kijken, maar door het alleen te downloaden en te proberen, kom je daar vanzelf achter. Alleen downloaden en proberen kost niets.
http://tweakers.net/meuktracker/19877/all-my-books-15-build-1110.html
Dit is de site met informatie, en daar wordt al wat meer over geld gesproken :-)
http://www.bolidesoft.com/allmybooks/library-organizer.html
Ik ben me er van bewust dat je duidelijk vraagt om "gratis" software, maar als ik jou was zou ik hier toch ook nog even kijken. Als ik het goed heb uitgerekend, ben je (met de goedkoopste scanner), in totaal zo'n 50 Euro kwijt. Als je echt een heel grote bibliotheek hebt, lijkt mij dat ideaal, omdat je dan niets zelf hoeft in te typen. Voor 100 boeken is dat overbodig, voor 5000 boeken eigenlijk onmisbaar.
http://www.collectorz.nl/book/
Gaat het allemaal niet lukken met gratis software, en is je bibliotheek niet al te groot, dan kun je gewoon Excel overwegen. Daar doe ik al dit soort klusjes mee, muziek, boeken, videobanden etc, maar ik heb dan ook geen 5000 boeken. In dat geval zou ik het misschien anders aanpakken :-)
Succes!