Hoe kan je fwrite add (a) gebruiken op de op 1 na laatste regel?

Dat kan niet, de mode "a" is een "write only" mode die aan de einde van het bestand begint, dus een regel na "?>"

Toegevoegd na 6 minuten:
Een manier gevonden hoe het eventueel kan werken:

// de data die je voor "?>" wilt schrijven
$data="echo 'hello world!';";

// lees de huidige content van de .php file en zet ze in een string
$filecontent=file_get_contents('file.php');

// positie van "?>"
$pos=strpos($filecontent, '?>');

// voeg data samen met huidige content
$filecontent=substr($filecontent, 0, $pos)."\r\n".$data."\r\n".substr($filecontent, $pos);

// voeg data toe, deze methode is identiek aan het roepen van fopen(), fwrite() en fclose() achter elkaar.
file_put_contents("file.php", $filecontent);