Mag ik de nog openstaande factuur van de dubbel betaalde factuur aftrekken en het verschil aan hem retour betalen?

Ja, dat mag. De klant voldoet niet aan de gestelde betalingsvoorwaarden.
Ik zou het dubbel betaalde bedrag overmaken. En niet in discussie gaan, dat heeft weinig zin, aangezien de klant al veel te laat is met betalen.
Dan maar hopen dat de tweede factuur alsnog betaald wordt.
Een eventuele toekomstige bestelling pas leveren ná het betalen van de rekening.
NB Als het voor jou grote bedragen zijn, dan gewoon verrekenen. Een slecht betalende debiteur hoeft dat niet met kwade opzet te doen. Dat kan ook omdat hij/zij weinig financiële middelen heeft en bijna failliet is.