Waarom vertrekt de stoptrein van Groningen naar Zwolle van 16.31u op maandag en dinsdag 1 minuut later? Dus om 16.32u?

Als er maar één trein zou rijden in het gebied Zwolle Groningen, dan zou dat heel vreemd zijn. Maar het inelkaar zetten van een dienstregeling, in een land met zo'n druk bezet spoor, is een totaal-puzzel.
D.w.z. alles heeft met alles te maken.

Er hoeft helemaal niets bijzonders aan de hand te zijn met de trein die jij noemt, maar er kan iets bijzonders zijn met een andere treinverbinding die gekruist moet worden, of moet invoegen op het zelfde spoor.
In principe kan het dat trein A iets later vertrekt, omdat trein B iets later vertrekt, omdat trein C iets vroeger vertrekt, omdat er alleen op maandag en dinsdag een goederentrein rijdt en op andere dagen niet rijdt. Of dat er op maandag en dinsdag ergens een markt is, waardoor een andere trein langer is, en het drukker is, en er minder ruimte is op het spoor. Een kwestie van oorzaak-gevolg-gevolg-gevolg etc..

Want waarom zou een trein om 16:31 vertrekken als het ook om 16:32 kan, omdat 'ie dan na 5 km toch een minuut bij een rood sein moet wachten?

Overigens denk ik dat (in de dienstregeling) een trein vaker op één of twee dagen een minuut later vertrekt, dan eerder. Want dat laatste zou verwarrend zijn; nu mis je je trein in ieder geval niet.

Vergelijk het maar met een schaakspel: de 12e zet die je doet, heeft rechtstreeks verband met de 3e zet, en ook alle tussenliggende zetten. Als je 3e zet anders was geweest, zou je 12e zet ook anders zijn geweest.
De praktijk leert dat het met de treinenloop niet anders is.
Als er bij Amersfoort iets misloopt met een wissel, heeft de hele randstad daar last van. Alle vertrektijden zijn dus precies, en zo effiecient mogelijk op elkaar afgestemd.