In welke map in linux moet ik mijn pakketjes doen om te "installeren"?

Nergens, je kunt ze gewoon via een terminal installeren.

Als je download wordt je de mogelijkheid geboden het op te slaan of te installeren.
Als je het download komt het in de map Downloads in je homedirectory.
Als je het hebt gedownload van een site staat er ook bij hoe je het moet uitpakken en installeren. Dat is per programma verschillend,

Veelal sla je ze op in /usr/tmp of op je home drive (/home/{username} )
Daarna installeer je ze via de package installer (mits je via een GUI werkt) door er op dubbel te klikken. Als je ze via de shell installeert, hangt het een beetje af van de extensie. Als het een .TAR bestand is, dan moet je ze eerst uitpakken (tar -zxvf {bestandsnaam}) net zoals een .GZ bestand op dezelfde manier.

Als je het pakket moet compileren, dan zal je de volgende stappen moeten doornemen:

./configure
./make install

Afhankelijk van het pakket kan je het ook via apt-get installeren/downloaden/verwijderen;

apt-get install {bestandsnaam}

Als het een .DEB bestand is, installeer je het middels

dpkg -i {bestandsnaam}