"Ik ben het eens met jou" of "Ik ben het met jou eens"?

Het kan allebei. "Ik ben het eens met jou" legt meer de nadruk op 'met jou'. Normaliter zou ik "Ik ben het met jou eens" gebruiken.
Nog meer nadruk krijgt ‘met jou’ als je deze woorden vooraan de zin plaatst: "Met jou ben ik het eens".

Beide zijn correct. Het hangt er vanaf waarop de klemtoon ligt welke formulering gebruikt wordt. Bijvoorbeeld:
- collega's zijn aan het discussiëren. De meesten zijn het niet met één medewerker eens. Maar jij zegt tegen hem: Ik ben het eens het jóu, en niet met de anderen.
- collega's zijn aan het discussiëren. Stuk voor stuk vertellen ze wat hun mening is. Jij zegt tegen een van hen: Ik ben het met jou eens, jij denkt er precies zo over als ik dat doe.